Facturation Électronique : les réponses aux questions que vous n'osez pas poser

Vous connaissez les bases. Passons aux cas pratiques.

La facturation électronique est obligatoire, vous l'avez compris. Plateforme Agréée, formats structurés, 1er septembre 2026 : c'est clair.

Mais entre la théorie et la pratique, il y a des dizaines de questions concrètes auxquelles personne ne répond clairement :

• Comment gérer les factures de prélèvement automatique ?

• Peut-on avoir plusieurs PA de réception ?

• Que se passe-t-il si mon collaborateur demande une facture au nom de l'entreprise mais qu'elle n'arrive jamais ?

• Les frais de déplacement, ça fonctionne comment exactement ?

Vous avez une stratégie. Vous avez probablement déjà choisi votre Plateforme Agréée. Maintenant, vous voulez valider que tous vos cas d'usage sont couverts.

C'est exactement l'objectif de cet article : répondre aux questions pratiques que se posent les équipes finance qui se préparent réellement.

Pour comprendre les bases de la réforme, consultez d'abord : Facturation électronique : comment s'y préparer ?

Calendrier et timing

Y a-t-il un report de la réforme ?

Non. Aucun report officiel n'a été annoncé. Le calendrier reste inchangé :

• 1er septembre 2026 : Obligation de réception pour toutes les entreprises

• 1er septembre 2026 : Obligation d'émission pour grandes entreprises et ETI

• 1er septembre 2027 : Obligation d'émission pour PME et TPE

Recommandation : Continuez vos préparatifs. Si un report est annoncé (peu probable), vous serez juste en avance. Si aucun report n'est annoncé (très probable), vous serez prêt à temps.

Pourra-t-on tester avec nos fournisseurs avant septembre 2026 ?

Oui, c'est même recommandé! La plupart des Plateformes Agréées proposent des phases pilotes entre avril et août 2026. Profitez-en pour :

• Tester avec 5-10 fournisseurs

• Valider vos workflows d'approbation

• Identifier les problèmes de matching ou d'assignation

• Former vos équipes en conditions réelles

Ne faites pas vos premiers tests le 1er septembre. Lancez-vous en juin-juillet pour avoir le temps d'ajuster.

International et gestion de plusieurs entités

Les factures de fournisseurs étrangers (UE et hors UE) sont-elles gérées par la PA ?

Non, elles ne passent pas par la PA... mais votre PA doit quand même les gérer.

Clarification importante :

Les factures internationales (fournisseur non français et/ou non établi en France) ne sont pas soumises à la facturation électronique. C'est-à-dire qu'elles ne doivent pas être émises et reçues via une PA.

Mais...

Votre PA doit récolter des informations obligatoires sur ces factures pour transmettre certaines données de transaction aux autorités fiscales dans le cadre de l'e-reporting.

Comment ça fonctionne en pratique :

Pour les factures fournisseur :

• Vous continuez de les recevoir par email ou les télécharger manuellement

• Votre système collecte des informations supplémentaires (pays du fournisseur, TVA intracom, etc.)

• Ces données sont transmises automatiquement au PPF pour l'e-reporting

Pour les dépenses Cartes et Notes de frais :

• Si le fournisseur est international, des champs supplémentaires doivent être renseignés

• L'e-reporting se fait automatiquement en arrière-plan

Vous n'avez pas à gérer l'e-reporting manuellement. Votre PA s'en charge.

Peut-on utiliser une seule PA pour gérer plusieurs entités juridiques ?

Oui, c'est possible (et recommandé).

Comment ça fonctionne :

Chaque entité juridique française a besoin de sa propre adresse électronique au format SIREN ou SIREN_SIRET.

Mais vous pouvez centraliser toutes ces entités sur une seule Plateforme Agréée, tout en maintenant :

• Des boîtes de réceptions séparées par entité

• Des workflows d'approbation distincts

• Des exports comptables indépendants

• Un reporting consolidé au niveau groupe

Avantages :

• Une seule plateforme à maintenir

• Gestion centralisée des fournisseurs communs

• Économies d'échelle

• Reporting groupe + reporting par entité

Exemple concret :

Groupe avec 3 entités françaises :

• Entité A : SIREN 123456789 → Adresse : 123456789

• Entité B : SIREN 987654321 → Adresse : 987654321

• Entité C : SIRET spécifique → Adresse : 123456789_00002

Les factures arrivent automatiquement dans la bonne boîte selon l'adresse électronique utilisée par le fournisseur.

Configuration et options

Est-il possible d'avoir plusieurs Plateformes Agréées de réception ?

Oui, c'est techniquement possible. Vous pouvez déclarer deux (ou plus) adresses électroniques distinctes dans l'annuaire national, chacune gérée par une PA différente.

Configuration typique :

• SIREN_INVOICE : pour les factures fournisseurs AP classiques (géré par PA #1)

• SIREN_EXPENSE : pour les reçus de carte et notes de frais (géré par PA #2)

Les avantages :

• Séparation claire des flux

• Chaque PA gère ce qu'elle fait de mieux

• Possibilité de conserver votre outil AP actuel

Les inconvénients :

• Complexité de gestion (deux outils à maintenir)

• Formation des collaborateurs et fournisseurs : quelle adresse pour quelle dépense ?

• Reporting fragmenté entre les deux PA

• Risque de routage incorrect des factures

Si possible, utilisez une seule PA pour tous vos flux. C'est beaucoup plus simple. Mais si vous avez des contraintes techniques fortes, cette configuration fonctionne.

Pour aller plus loin : Processus de traitement des factures fournisseurs : quelle efficacité ?

Moyens de paiement

Si je ne paie pas mes factures via ma PA, est-ce un problème pour la conformité ?

Non, pas de problème. Clarification sur les statuts liés au paiement :

Il existe 2 statuts en relation avec le paiement dans le cycle de vie d'une facture électronique :

1. "Paiement transmis": qui est non obligatoire, qui peut être communiqué au fournisseur quand vous initiez un paiement et qui est surtout pratique pour la traçabilité, mais pas requis par la loi.

2. "Encaissée": qui est obligatoire et qui est transmise au PPF directement par le fournisseur lorsque le paiement est effectivement reçu.

Impact si vous payez depuis votre banque :

Aucun. Le statut "Encaissée" est géré par le fournisseur, pas par vous. Donc que vous payiez depuis votre PA, depuis votre ERP, ou depuis votre banque, le cycle de vie de la facture reste conforme.

La PA gère la conformité. Le paiement, vous le gérez où vous voulez.

Comment gérer les factures de prélèvement automatique ?

Exactement comme vous le faites aujourd'hui:

1. Réception : La facture électronique arrive dans votre PA

2. Approbation : Elle suit votre workflow habituel

3. Marquage : Vous indiquez que le paiement sera fait par prélèvement

4. Comptabilisation : La facture est comptabilisée

5. Encaissement : Le fournisseur confirme la réception du paiement et transmet le statut "Encaissée"

Votre seule action : traiter la facture dans votre workflow d'approbation. Le prélèvement se fait comme avant.

Réception et traitement

Comment les factures sont-elles assignées au bon collaborateur automatiquement ?

Plusieurs mécanismes d'auto-assignation possibles selon votre PA :

1. Champs "acheteur" dans la facture électronique

Il existe 3 champs dédiés pour renseigner le contact de l'acheteur :

• Nom

• Adresse email

• Numéro de téléphone

Si votre fournisseur les remplit, votre PA peut automatiquement assigner la facture au bon collaborateur.

2. Rapprochement avec paiement carte

Si la facture correspond à un paiement par carte déjà effectué, votre PA peut matcher automatiquement via :

• Les 4 derniers chiffres de la carte

• Le montant

• Le nom du marchand

L'acheteur (porteur de carte) est alors notifié.

3. Détection de demande de remboursement

Si une note de frais correspondante existe déjà, certaines PA peuvent détecter le doublon et l'assigner automatiquement.

Et si aucun matching ne fonctionne ?

La facture arrive dans une boîte de réception partagée. Un contrôleur l'assigne manuellement à l'acheteur concerné.

Astuce pour maximiser l'auto-assignation :

Demandez à vos fournisseurs de toujours renseigner l'email du contact acheteur dans leurs factures électroniques. Ça garantit un matching quasi automatique.

Sous quel délai les factures arrivent-elles via la PA ?

Quasi instantanément. Dès que le fournisseur émet la facture depuis sa PA d'émission, la transmission via le réseau Peppol prend quelques secondes à quelques minutes maximum.

Ce qui peut créer des délais :

• Le fournisseur émet la facture avec retard

• Problème technique côté fournisseur ou PA d'émission

• Rejet technique (format invalide) qui nécessite une correction et une réémission

Dans 99% des cas : émission = réception en moins de 5 minutes.

Comment m'assurer que le prestataire m'identifie bien comme un B2B si je paie par carte ?

Les fournisseurs français vont devoir adapter leurs formulaires de paiement.

À partir de septembre 2026, les sites web et TPE des fournisseurs français devront systématiquement proposer une option pour indiquer qu'il s'agit d'une dépense B2B.

C'est déjà le cas pour beaucoup de sites en ligne (option "Entreprise" vs "Particulier" dans le formulaire de commande).

Statuts et cycle de vie

Qui indique qu'une facture a déjà été payée, et comment ?

Le fournisseur, via deux champs dans la facture électronique :

1. Champ "Amount Payable" (Montant restant dû)

Si la facture est émise après paiement (par exemple, facture de carte), ce champ est renseigné à 0€ par le fournisseur.

Votre PA détecte automatiquement : "Montant restant dû = 0€ → cette facture est déjà payée → on la route vers le flux de rapprochement, pas vers le flux d'approbation."

2. Champ "Méthode de Paiement"

Le fournisseur indique comment la facture a été payée (carte, virement, espèces, etc.).

Votre PA utilise cette info pour :

• Matcher avec la bonne transaction (si carte)

• Appliquer le bon workflow (si autre méthode)

Vous n'avez rien à faire manuellement. C'est automatique.

Les statuts sont-ils automatiquement transmis au PPF ? Sont-ils réversibles ?

Tous les statuts officiels (déposés, refusés, encaissés, etc.) sont envoyés en temps réel par votre PA au Portail Public de Facturation.

Sont-ils réversibles ? Ça dépend du statut. Les statuts réversibles sont "Déposée" et "En approbation" :

• "Déposée" → Vous pouvez passer à "Refusée" ou "En approbation"

• "En approbation" → Vous pouvez revenir en arrière, refuser, ou approuver

Statuts irréversibles sont :

• "Refusée" : Une fois transmis au PPF, impossible de revenir en arrière. La facture est officiellement rejetée.

• "Encaissée" : Une fois confirmée, impossible de revenir en arrière (mais ce statut est géré par le fournisseur, pas par vous)

Comment éviter les erreurs ?

Les bonnes PA protègent contre les erreurs en :

• Limitant l'accès aux statuts irréversibles aux contrôleurs uniquement

• Affichant des warnings clairs avant confirmation

• Exigeant une raison officielle avant tout rejet définitif

À quoi correspond le statut "Refusée" ?

C'est le rejet métier, définitif et officiel, d'une facture. Quand la facture est erronée (montant incorrect, prestations non fournies), quand elle a été envoyée au mauvais destinataire, qu'elle fait doublon avec une autre facture ou que le service/produit n'a jamais été commandé.

Ce qui se passe quand vous "refusez" une facture :

1. Vous sélectionnez une raison dans la liste officielle imposée par la réglementation

2. Votre PA transmet automatiquement ce statut au PPF

3. Le fournisseur en est informé

4. La facture est définitivement rejetée (irréversible)

5. Le fournisseur doit corriger et réémettre une nouvelle facture (avec un nouveau numéro)

Attention : Distinguez bien "archiver" et "refuser"

Règle d'or : En cas de doute, archivez. Vous pourrez toujours revenir dessus. Le refus officiel, c'est définitif.

Notes de frais et dépenses collaborateurs

Comment faire le lien entre les factures électroniques et les notes de frais ?

Le rapprochement devrait être automatique avec une bonne PA et un mécanisme de matching intelligent avec le montant de la transaction, la date de la transaction, le nom du fournisseur et les données du reçu déjà uploadé.

Scénario 1 : L'employé soumet d'abord sa note de frais

1. Votre collaborateur fait un achat avec ses fonds personnels

2. Il demande au fournisseur d'émettre la facture au nom de l'entreprise

3. Il soumet sa demande de remboursement avec le reçu temporaire

4. Quelques jours/semaines plus tard, la facture électronique arrive via la PA

5. La PA détecte automatiquement le matching et assigne la facture à l'employé

6. L'employé lie la facture électronique à sa demande existante

7. Vous avez la demande de remboursement + la facture électronique conforme

Scénario 2 : La facture électronique arrive d'abord

1. La facture électronique arrive dans votre PA

2. Elle est assignée automatiquement à l'employé

3. L'employé soumet ensuite sa demande de remboursement

4. La PA détecte le matching et propose de lier automatiquement

L'employé peut-il soumettre sa note de frais sans attendre la facture électronique ?

Oui, absolument. On ne va pas faire attendre vos collaborateurs 2-3 semaines pour être remboursés.

Le rapprochement se fait a posteriori quand la facture électronique arrive.

Que se passe-t-il si la facture au nom de l'entreprise n'arrive jamais ?

Vous pouvez quand même rembourser et comptabiliser. Il suffit de faire comme aujourd'hui.

Par contre, comme la facture n'arrive pas, cette dépense ne pourra pas être prise en compte dans le remplissage automatique de votre déclaration de TVA.

Vous devrez ajuster manuellement la déductibilité au moment de la soumission de votre déclaration de TVA pré-remplie.

Conseil : Sensibilisez vos collaborateurs à l'importance de demander une facture au nom de l'entreprise (pas à leur nom personnel). C'est critique pour la récupération de TVA.

Toutes les notes de frais sont-elles concernées ?

Non, il existe 3 exceptions.

Exception 1 : Dépenses non assujetties à la TVA

Si la dépense n'est pas soumise à la TVA (exemple : certaines prestations de formation, associations, etc.), pas besoin de facture électronique.

Exception 2 : Notes de restaurant inférieures à 150€

Les restaurants peuvent émettre des reçus simplifiés sans identifier le client. Ces reçus suffisent pour la note de frais.

Attention : La déductibilité de la TVA devra être précisée manuellement au moment de la revue de la déclaration.

Exception 3 : Tickets de péage

Les reçus délivrés aux barrières de péage sont considérés comme documents valant facture, à condition qu'ils mentionnent :

• Le taux et le montant de la TVA

• Un numéro séquentiel de délivrance

• Un espace réservé à l'usager

Pour ces 3 cas, la gestion reste identique à aujourd'hui :

• Vos collaborateurs soumettent leur demande avec un reçu

• L'OCR lit et extrait les données (si votre outil le permet)

• La demande entre dans le workflow de validation

• Le collaborateur est remboursé

Pour TOUT le reste (hôtels, transports hors péage, achats de matériel, services, etc.) : facture électronique obligatoire.

Cas d'usage spécifiques

Mes freelances envoient leurs factures directement. Ça va changer ?

Ça va changer un peu, mais rester simple.

Avant (aujourd'hui) :

Vos freelances, consultants, TMIs vous envoient leurs factures par email. Vous les traitez manuellement.

Après (septembre 2026) :

Leurs factures électroniques arriveront dans votre PA. Elles devraient être automatiquement assignées grâce à la détection du nom/email dans la facture.

Le workflow idéal :

1. Le freelance émet sa facture via sa PA d'émission

2. La facture arrive dans votre PA

3. Elle est assignée automatiquement au freelance concerné (matching via email)

4. Le freelance (s'il a un accès à votre outil) soumet la facture pour approbation

Vos freelances continuent de gérer leurs factures de la même manière. C'est juste le format qui change.

Conseil : Si possible, donnez un accès "externe" limité à vos freelances réguliers dans votre système. Ils pourront soumettre directement leurs factures pour approbation. Ça simplifie tout.

Comment sont gérés les frais de déplacement (Train, taxi, avion, IK) ?

En théorie, ils nécessitent une facture électronique. En pratique, c'est plus nuancé.

Le principe voudrait que si la dépense est faite au nom de l'entreprise, elle donne lieu à une facture électronique.

Mais la plupart des frais de déplacement n'ouvrent pas droit à la déduction de TVA (voitures, billets de train, taxis, etc.).

Solution pratique recommandée :

• Le fournisseur ne génère pas une facture électronique B2B

• Le fournisseur déclare la transaction via e-reporting

• L'entreprise rembourse le salarié sur la base du justificatif papier

• La récupération de TVA est impossible (de toute façon)

Exceptions qui nécessitent une facture électronique :

• Hôtels : facture électronique obligatoire

• Locations de véhicules commerciaux (utilitaires) : facture électronique obligatoire

• Avions/trains pour déplacements pros avec TVA récupérable : facture électronique obligatoire

Indemnités kilométriques (IK) :

Pas de facture fournisseur (c'est le salarié qui utilise son véhicule personnel). Donc pas de facture électronique. Gestion interne classique.

Conseil pratique : Formez vos collaborateurs à bien distinguer :

• Dépenses avec TVA récupérable → demander facture au nom de l'entreprise

• Dépenses sans TVA récupérable → reçu suffit

Choix de PA : les bonnes questions à poser

Maintenant que vous connaissez les cas d'usage complexes, voici les questions à poser à votre (future) PA pour valider qu'elle couvre vos besoins :

Sur l'assignation automatique :

• Comment assignez-vous automatiquement les factures aux bons collaborateurs ?

• Que se passe-t-il si aucun matching ne fonctionne ?

• Puis-je définir des règles d'assignation personnalisées ?

Sur les notes de frais :

• Comment gérez-vous le rapprochement des factures électroniques / notes de frais ?

• Mes collaborateurs peuvent-ils soumettre leurs NdF avant que la facture électronique arrive ?

• Que se passe-t-il si la facture électronique n'arrive jamais ?

Sur les paiements :

• Dois-je obligatoirement payer depuis votre plateforme ?

• Comment gérez-vous les prélèvements automatiques ?

• Quels statuts transmettez-vous automatiquement au PPF ?

Sur la configuration multi-PA :

• Puis-je utiliser votre PA uniquement pour certains flux (ex. : cartes + NdF) ?

• Comment se passe l'intégration avec mon outil AP actuel ?

• Y a-t-il des développements API à prévoir ?

Sur l'international :

• Comment gérez-vous l'e-reporting pour mes factures internationales ?

• Puis-je gérer plusieurs entités juridiques (France + international) ?

• Comment fonctionnent les workflows par entité ?

Sur la conformité :

• L'archivage probant 10 ans est-il inclus ?

• Que se passe-t-il si je change de PA dans 2 ans ? (portabilité des archives)

• Comment me préparez-vous à un contrôle fiscal ?

Si votre PA ne peut pas répondre clairement à ces questions, creusez plus.

Pour aller plus loin : Dématérialisation des factures fournisseurs : les bonnes pratiques

L'essentiel à retenir

Vous êtes prêt pour la facturation électronique. Mais le diable se cache dans les détails.

Les cas d'usage complexes les plus fréquents :

1. Notes de frais : Le matching automatique doit fonctionner dans les deux sens. Vos collaborateurs ne doivent pas attendre la facture électronique pour être remboursés.

2. Paiements hors PA : Vous n'êtes pas obligé de payer depuis votre PA. Le statut "Encaissée" est géré par le fournisseur.

3. Configuration multi-PA : C'est possible, mais complexe. Simplifiez si vous le pouvez.

4. Factures internationales : Pas de facturation électronique, mais e-reporting automatique. Votre PA doit le gérer.

5. Freelances/TMIs : L'assignation automatique via email fonctionne. Donnez-leur un accès externe si possible.

6. Frais de déplacement : La plupart passent par e-reporting (pas de facturation électronique). Exceptions : hôtels et véhicules commerciaux.

Ce qui fait la différence entre une bonne et une mauvaise PA :

• Assignation automatique intelligente (pas juste technique)

• Workflows flexibles qui s'adaptent à vos cas d'usage

• Gestion transparente de l'e-reporting

• Archivage probant inclus et portable

• Support qui connaît vraiment la réglementation française

Si votre PA répond "on ne sait pas encore" à ces questions, fuyez. Le go-live est dans 7 mois.

Vous avez d'autres questions ?

Vous maîtrisez maintenant les cas d'usage complexes et les questions à poser à votre PA. Si vous voulez revenir aux fondamentaux de la réforme, notre article Facturation Électronique Obligatoire : 8 Mois Pour Digitaliser vous donne le calendrier complet et le plan d'action.

Vous hésitez encore entre plusieurs configurations PA ? Le "Guide Complet Pour Choisir Votre Plateforme Agréée" compare les options et leurs implications concrètes.

Et pour convaincre votre direction des bénéfices au-delà de la simple conformité, consultez notre analyse des enjeux et bénéfices de la dématérialisation comptable.

Vous avez les bonnes questions. Il est temps de valider les réponses avec votre future PA.

Le 1er septembre 2026, c'est dans 7 mois. Les détails, c'est maintenant qu'il faut les valider.